A APAE de Três Passos foi fundada em 24 de setembro de 1969 por um grupo de pessoas que sentiram a necessidade de uma escola especial. A APAE de Três Passos presta atendimento a pessoas com deficiência intelectual ou múltiplas deficiências com idade entre 0 e 55 anos, oriundos dos municípios da região; através da equipe da Escola de Educação Especial São Francisco de Assis, no Ambulatório do SUS ou no Centro de Atendimento Especializado São Francisco de Assis. APAE é uma Instituição filantrópica sem fins lucrativos, para a sua manutenção e pagamento dos profissionais contratados no regime de CLT, a instituição possui termos de fomento com prefeituras bem como com o estado do Rio Grande do Sul para repasse do FUNDEB (Fundo de desenvolvimento da educação básica) e recursos através de credenciamento do Ambulatório do SUS. A APAE também recebe recursos do programa “Nota fiscal gaúcha” do PDDE (Programa direto na escola) e de campanha de sócios contribuintes.